このクエストCivil War (内戦) はImperial Army(帝国軍) 側につくか Stormcloaks(ストームクローク、反乱軍) 側のどちらにつくかでストーリーの視点が大きく変わります。また片方に味方すると、もう片方からは敵対視され、敵対視した組織のFort に侵入すると警告を受け、無視すると攻撃されます。どちらかの側にしかつくことができません。当然クエストもどちらか一方しか受けることができず、その選択はどちらかの組織に入隊するときに決めなければなりません。前々作 The Elder Scrolls III: Morrowind の三大派閥 Great House の所属が三者択一のように、この選択は 二者択一 を迫られます。
メインクエスト Unboundから早々に、Ralof についていってHelgen を脱出すれば、Stormcloaks 陣営の Ralof から、Hadvar についていってHelgen を脱出すれば Imperial Legion 陣営の Hadvar のどちらかから、それぞれが所属する部隊への入隊を勧められますが、この時点ではただ勧められるだけなので、まだどちらの部隊に入隊する決断をする必要はありません。
実際に入隊するには、各陣営の首都に行かなければなりません。
Skyrim の首都 Solitude に拠点を構えており、Skyrimの西側を支配しています。旗の色は赤色です。Imperial Legion (帝国レギオン(軍団兵)) が着用している鎧なども赤に近いものがあり、古代ローマ帝国の軍団兵 (Legion) を連想させる格好をしています。
Imperial Legion は、 High-King を暗殺した、Windhelm のJarl であり、かつ Stormcloaks のリーダーである Ulfric Stormcloak の討伐と、彼が引き起こした暴動反乱鎮圧、Skyrim の 再統一を目的としています。
Stormcloaks の支配地域の各所に、Stormcloaks の土地を攻略するためにキャンプを張っています。マップ上ではキャンプのマップマーカーが、このゲーム The Elder Scrolls V: Skyrim のロゴと同じ、菱形のドラゴンのロゴになっています。
Skyrimの東部 Windhelm に拠点を構えている反乱軍です。Skyrimの東側を支配しています。
Cyrodiil に拠点を構えてTamriel全土を支配していた Imperial からの解放と、Altmer (ハイエルフ)が支配する Summerset Island で勢力を拡大しImperial に致命的な損害を与えた、Thalmor 率いる Aldmeri Dominion が Imperial との戦争 Great War によって、人間の神である Talos の信仰を禁止することを条件とした停戦協定に、Imperial が合意しました。Talosを信仰していることが発覚した者は死刑になりました。Skyrim で誕生し、Skyrimの Nord たちに信仰されている神の信仰を禁止されたことに怒ったNordたちの一部が Stormcloaks としてImperial に反旗を翻しました。
Stormcloaks はSkyrim の Imperial による支配からの解放と Talos 信仰の復活を目的として反乱を起こしています。
Stormcloaks はImperial Army も対立していますが、同時に Aldmeri Dominion とも対立しています。
Imperial Army の支配地域の各所に、Imperial Army の土地を攻略するためにキャンプを張っています。
どちらに入隊しても損得にさほど影響はありません。一部のクエストでNPCが違う場所に現れたり、内戦によって人が死んだことで、代わりのNPCが現れたり、視点が違うことで、ストーリーの流れに違いがある程度です。勢力が塗り替えられた都市は、首長や執政・近衛兵などが代わります。プレイヤーが好きなように選べばいいのです。
前作 The Elde Scrolls IV: Oblivion をプレイしていた人によっては、Imperialの土地 Cyrodiil とその土地の人々が馴染み深くて、Imperial Legion に入隊したいと思うことがあるかもしれません。前々作 The Elder Scrolls III: Morrowind をプレイしていた人も、Imperial Legion に入隊してクエストをこなした思い出から、前作OblivionになかったImperial Legionのクエストが復活して即座にImperial側に入隊したいと思うかもしれません。装備品の強さや拠点の攻略具合と Aldmeri Dominion のThalmor との関係から、Imperial legion側の方が圧倒的に優位に見えます。しかしプロローグで意味がわからず囚人として送られ、斬首の刑にされそうになったことでImperial Legion に不快感を覚える人もいるかもしれません。それに Aldmeri Dominion の Thalmor から勝手に Talos の信仰を禁止されるという内政干渉を受けていることに不快感を感じる人もいるかもしれません。
以上のことから、どちらの視点でストーリーを見たいかで決定すればいいことでしょう。